Die Grube Cecilie wurde im Jahre 1907 durch die Gewerkschaft Christoph Friedrich in Betrieb genommen. 1908 schließt sich die Inbetriebnahme einer Brikettfabrik an. Die Grube erlangte internationale Bedeutung durch ihre fossilen Funde, die bereits 1908- 1912 mit dem Kohleabbau zutage traten. Ab dem Jahr 1925 werden systematisch die Ausgrabungen von Funden, durch die Martin Luther Universität Halle-Wittenberg vorgenommen. In dem Gebiet der Gruben Cecilie und Leonhardt bestanden äusserst günstige Bedingungen für den Erhalt der fossilen Funde. So kam es in dem Gebiet zu Einsturztrichtern, da Gibse und Salze im Untergrund des Bundsandsteines ausgespült wurden. In diesen Trichtern sammelte sich wiederum Wasser, was wohl zur Folge hatte, dass Tiere sich um diese Wasserstellen versammelten. Im Lauf der Jahrhunderte ertranken wohl Tiere in diesen Einsturztrichtern, blieben im Morast des Uferbereiches stecken oder wurden tote Tiere durch Oberflächenwasser eingespült. Mit dem Sinken auf den modrigen Grund der Trichter, waren Sie dem alles zersetzenden Sauerstoff der Erdoberfläche entzogen. Jedoch hätten nun Humussäuren sämtliche Knochen der Kadaver zersetzt müssen. Dies geschah im Geiseltal nicht, da Kalkschichten in der Kohle und das kalkhaltige Wasser dieser Region dies verhinderten. So ist chemisch gesehen kalkhaltiges Wasser eine Lauge, die Säure neutralisiert und dadurch jahrmillionen Jahre später im Geiseltal gut erhaltene dreidimenzionale Skelette hervor brachte.
Ein erster Höhepunkt dieser systematischen Ausgrabungen, war ein im Jahre 1933 geborgenes vollständiges Skelett eines 45 Millionen Jahre alten Urpferdes (Propalaeotherium). Dieses ist, im Gegensatz zu den gefundenen Urpferden der Grube Messel (Ausgestorbene Zweige) ein direkter Vorfahre unser heutigen Pferde. Dieser und weitere zahlreiche Funde im Geiseltal, veranlassten die Universität Halle zur Eröffnung des Geiseltalmuseums. Auf Grund einer konzeptionellen Neuausrichtung, wurde das Museum 2011 geschlossen. Jedoch wird die Geiseltalsammlung ab dem Jahre 2015, an neuer Stelle, wieder der Öffentlichkeit in Halle zugänglich sein. Das 1933 gefundene Urpferd, wurde im Frühjahr 2012 mit der bei Nebra gefundenen Himmelsscheibe, zum deutschen Nationalgut erklärt.